Сколько лет очистным? Существует ли фирма, которая делала проект?
На мой взгляд Вам нужно исходить из исходных данных, т.е. изучить проект и понять в каком месте технология очистки нарушена. Если у Вас все правильно, то надо обращаться к специалистам. Велика вероятность, что ваши очистные вовсе не способны обеспечить требуемое качество сточных вод.
А что вы делаете с избыточным активным илом?