NataliFounder,
Там и не может его быть, ведь Вы собираетесь оформить договор на водопользование, т. е. пользоваться водным объектом без нарушения законодательства.
Определитесь есть ли у Вас вообще рыбохозяйственная ценность водного объекта, если есть, то опираться надо на ПРИКАЗ Федерального агентства по рыболовству от 6 мая 2020 года N 238. Определитесь какие рыбозащитные мероприятия планируются к применению, по величине ячеи, например, защищающей от попадания в водозабор гидробионтов или иное.
если нет рыбхоз.ценности, то простите ущерб чему Вы будете считать? насколько я знаю методик и такс для других видов "ущербов" скажем эстетическому виду или обмелению на 1 мм и т.п. нету. Ущербы считают только по видам воздействия для которых разработаны таксы и методики.
Можно правда завернуть, ущерб землепользователям и водопользователям за счет упущенной выгоды и т.п. при наложении на их земельные участки, и права пользования водным объектом новых обременений (поясов зон сан. охраны водозабора Вашего, если такие устанавливаются вообще для него), тут наверное к кадастровым специалистам надо обратиться, не к экологам. Считать такие обычно не пытаются если нет судебных тяжб, а то замучаетесь считать, а потом выплачивать.
Возможно Вы имеете в виду пату за пользование водным объектом (не ущерб), которая например для федеральных считается по ставкам из ПОСТАНОВЛЕНИЯ Правительства от 30 декабря 2006 г. N 876.