avkaratun, а ОКВЭД какой основной? Возможно, по нему и присвоили II категорию. Если ОКВЭД не какой-нибудь "38.11 Сбор неопасных отходов", то нужно писать письма в ведомства с разъяснениями и требованием снятия с учета объекта II категории в связи с присвоением III.
У меня был такой объект с ОКВЭД 17.21 Производство гофрированной бумаги и картона, бумажной и картонной тары. Им присвоили I категорию (хозяйственная деятельность по производству бумаги и
картона (с проектной производительностью 20 тонн в сутки и более)). Организация возмутилась и обратилась ко мне. Я сформировала заявку с заявленной III категорией и приложила пояснительную записку, в которой расписала, что данный ОКВЭД, помимо производства бумаги и картона, включает в себя производство тары, чем и занимается данная организация, приложила подтверждающие документы. Не скажу, что прям сразу же переделали всё - сначала долго и упорно кидали из РПН в Комитет, ссылаясь на то, что "так это не к нам", но в итоге III категорию мы получили.
Ваша ситуация вообще комична - двойной учет. Если ведомства будут ссылаться на п. 44 Приказа Минприроды от 6 февраля 2020 года N 104, который гласит:
Заявительные документы для актуализации сведений об объекте НВОС, снятия объекта НВОС с государственного учета, выдачи дубликата свидетельства представляются заявителем в тот территориальный орган Росприроднадзора или уполномоченный орган исполнительной власти, в котором объект НВОС поставлен на государственный учет,
и говорить, что не обязаны были актуализировать, т.к. не являются тем органом, который выдал Вам свидетельство на II категорию, то смело возражайте - Верхне-Волжское Межрегиональное Управление Росприроднадзора официально является правопреемником Управления Росприроднадзора по Тверской области.