По постановлению Правительства № 712 о паспортизации, копии паспортов направляются в территориальные органы РПН по месту осуществления хозяйственной деятельности. Если верить разъяснительному письму РПН от 03.09.14 по паспортизации, то места осуществления хозяйственной деятельности - это те адреса, которые мы указываем в графе "местонахождение". Соответственно, если у Вас эта самая хозяйственная деятельность осуществляется в 3 разных округах, то высылайте в 3 разных РПН.
Кроме того, в Минюсте зарегистрирован приказ МПР № 349 о разработке ПНООЛР (который, правда, пока не вступил в силу). Согласно этому документу, в состав ПНООЛР больше не надо включать паспорта, но необходимо
указывать реквизиты письма о направлении хозяйствующим субъектом в соответствующий территориальный орган Росприроднадзора документов, подтверждающих отнесение вида отхода к конкретному классу опасности.
Получается, что территориальному органу РПН понадобится это письмо о паспортизации, когда они будут утверждать Вам лимиты.