Нет, даже если вы докажете, что грунт чистый - это не влияет на то отход это или нет. Это влияет только на то, как вы можете его использовать. Если вы покупаете его как товар - должны быть документы на товар. Если используете свой - должны быть протоколы биотестирования, протоколы КХА, микробиологических, радиационных исследований (2.1.7.1287-03 «Санитарно-эпидемиологические требования к качеству почв». Инспектор КПР требовал это все в составе ТРОСО).
Штраф по 8.41 правомерен, поскольку вы вносили платежи не в установленный срок. Однако я сомневаюсь насчет полномочий инспектора Минприроды. В регламенте Минприроды прямого указания я не нашла.
Вопросы использования грунта широко обсуждались на форуме, посмотрите соответствующие темы: Утилизация грунтаА как вы оформляете грунт?
Подскажите что делать с загрязненной почвой
Биотестирование проб почвы