Полагаю, что плата по договору за подключение к системе водоотведения, само водоотведение и транспортировку сточных вод, ущерб, возмещаемый ОС, и плата за НВОС - это разные вещи.
ч. 2 ст 1 Федерального закона от 07.12.2011 N 416-ФЗ "О водоснабжении и водоотведении" регламентирует, что сброс сточных вод в водный объект регулируются водным законодательством, а плата за НВОС взимается в соответствии с Федеральным законом от 10 января 2002 года № 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", т.е. ст.16 ФЗ № 7-ФЗ, которая чётко определяет, что плата за НВОС взимается только за сбросы загрязняющих веществ в водные объекты, а сброс сточных вод через ЦСВ не указан, как вид платы за НВОС.
Однако.
До 01 января 2016 г. действовала ч. 2 ст. 28 ФЗ № 416-ФЗво исполнение, которой принят "Правила уменьшения платы за негативное воздействие на окружающую среду в случае проведения организациями, осуществляющими водоотведение, абонентами таких организаций природоохранных мероприятий", утв. постановлением Правительства РФ от 17.04.2013 N 347.
С 01 января 2016 г. п. 3 ст. 4 Федерального закона от 29.12.2015 N 404-ФЗ ст. 28 ФЗ № 416-ФЗ изменили радикально, указав, что плата за негативное воздействие на окружающую среду взимается в соответствии с Федеральным законом от 10 января 2002 года N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", т.е. только за сброс ЗВ в водные объекты.
При этом постановление Правительства РФ от 17.04.2013 N 347 не отменили и оно действуют во исполнение недействующей на данный момент версии ч. 2 ст. 28 ФЗ № 416-ФЗ.
Поэтому и путаница возникает.